1. 穿越琴酒之卧底系统
第一位：波本本名降谷零 ，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，组织代号“波本” 由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
第二位：基尔真名本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号“基尔（Kir）”。曾于一次暗杀行动中遭遇车祸昏迷，受到FBI保护。之后在FBI的协助下重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
第三位：伊森·本堂是本堂瑛海（化名水无怜奈）和本堂瑛祐的亲生父亲，同为CIA的谍报员，后潜入黑衣组织进行卧底调查工作，于四年前为掩护同是黑衣组织卧底女儿基尔的身份自杀身亡。
第四位：黑麦威士忌充满神秘感的FBI搜查官
2. 琴酒 全是卧底
沃克不是卧底，他是黑衣组织的骨干成员，真名鱼冢三郎，大多数时间和琴酒黑泽阵一起行动，一直以来没有太亮眼的表现。
3. 琴酒的组织有多少卧底
因为黑色组织核心成员都是以酒的名字命名的，所以黑色组织的外号叫做酒厂。
1.琴酒
组织骨干，让新一变成柯南的主要推手。
2.伏特加
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档。完全服从琴酒且经常一起行动
3.贝尔摩德
黑衣组织重要成员之一，在组织中地位很高，深受组织Boss的宠爱。一旦碰到跟柯南起冲突的事情，第一选择都是保护柯南
4.波本（安室透）
真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，打工皇帝
5.基尔（水无伶奈）
真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员
4. 琴酒和卧底
因为赤井秀一是唯一可以威胁到他们组织的存在。
赤井秀一，日本漫画名侦探柯南及其衍生作品中的角色， BI搜查官，赤井务武与赤井玛丽的长子，羽田秀吉和世良真纯的哥哥，知晓江户川柯南的真实身份为工藤新一。
为了帮助CIA卧底水无伶奈重回组织并取得信任，假装被枪击身亡。
5. 琴酒组织全卧底
成员：乌丸莲耶，朗姆，琴酒，伏特加，贝尔摩德（苦艾酒），基安蒂，科恩，卡尔瓦多斯，楠田陆道。
卧底：诸伏景光，降谷零，赤井秀一，本堂瑛海，雪梨
死亡：卡尔瓦多斯，楠田陆道，宫野厚司，宫野艾莲娜，宫野明美